Lasergene 18 リリースノート

2024/12/20 リリース

ー LASERGENE 18 リリースノート ー

最新版 Lasergene 18 が現在ダウンロード可能になりました。

このリリースでは、複数のサンプルにわたるゲノムデータを視覚化および分析するためのアプリケーションである GenVision Pro のメジャーアップデートを含む、重要な新機能と機能強化が提供されます。Lasergene 18 の新機能は次のとおりです：

▪ Phased Variant Analysis	▪ Search Sequences in a Custom Local Database
▪ Variant Comparison Across Samples	▪ Golden Gate Cloning
▪ Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)	▪ Phylogenetic Trees Built with IQ Tree

現在のインストーラーには、SeqBuilder Pro に影響する次の既知の問題に対する修正も含まれています。

Phased Variant Analysis
Lasergene Genomics には現在、ヒトゲノムの完全長ほどのロングリードデータセットを分析するための二倍体フェージングアルゴリズムが含まれています。

新しい変異検出オプションを選択するだけで、SeqMan
NGen でフェージングされたハプロタイプのためのワークフローを開始できます。
GenVision Pro の新しいゲノムビューで、アセンブリ後のゲノム全体のフェーズ化領域と非フェーズ化領域を表示します。
GenVision Pro のいくつかの新しいトラックとオプションを使用して、フェージング処理済みのアラインメントされたリード、フェージングブロック、フェージングの一貫性、およびフェージングされた変異を視覚化および分析します。
フェージングによって決定されたコンセンサスブロックをエクスポートして、対象の遺伝子の母系および父系のハプロイド配列を取得します。

Variant Comparison Across Multiple Experiments
GenVision Pro では、包括的に複数の実験から同定された変異を比較する機能が提供されるようになりました。

SeqMan NGenから得られたアセンブリ、BAMファイル、および/または VCF ファイルを GenVision Pro にインポートします。
ベン図、単一または複数のベースラインコントロール、ペアサンプル（正常と腫瘍など）、変異を含む複数サンプルまたはペアサンプルの最小パーセンテージ、およびその他の多くのオプションに基づいて変異をフィルタリングできます。フィルターを保存したり、将来のプロジェクトのためのデフォルトフィルターとして設定できます。
SeqMan NGen でアセンブルされたヒトサンプルのVariant Annotation Database 情報を表示します。
変異のセットを作成し、それらをベン図、和集合、積集合、または各変異を含むセットの最小パーセンテージと比較します。
変異および変異のセットを CSV またはタブ区切りのテキストファイルとしてエクスポートします。

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
GSEAは、RNA-Seqの差次的発現解析ワークフローの一種で、遺伝子発現調節、染色体位置、生物学的機能など、いくつかの共通性を共有する遺伝子のグループに焦点を当てています。

DESEQ2 または EdgeR 分析の基準が満たされている場合は、SeqMan NGen の GSEA 計算方法にアクセスします。
事前に定義された遺伝子セットが 2 つの生物学的状態 (表現型など) 間で統計的に有意な差を示すかどうかを学習します。
31 種類のヒト、19 種類のマウス、線虫（C. elegans）、酵母の分析オプションから選択します。
アウトプットは、選択した分析セットから差次的に発現する遺伝子をリストする特殊なバブルプロットと、アップレギュレーションされた遺伝子セットとダウンレギュレーションされた遺伝子セットを示すクラスタリングプロットで表示されます。